Mae glanhau'r popty sychu yn effeithiol yn atal llwch a malurion rhag effeithio ar yr offer, tra hefyd yn cynnal amgylchedd sych y tu mewn ac yn ymestyn oes yr offer. Argymhellir gweithdrefnau gweithredu penodol fel a ganlyn:
1. Diffoddwch bŵer y popty sychu ac aros 10-15 munud i ganiatáu i'r rhannau metel y tu mewn oeri.
2. Defnyddiwch frethyn meddal neu frwsh i gael gwared â llwch a baw o arwynebau mewnol ac allanol y popty sychu. Ceisiwch osgoi defnyddio brwshys gyda blew i atal crafu'r wyneb allanol.
3. Glanhewch y ffenestr wydr, sy'n eich galluogi i arsylwi ar y tu mewn i'r popty sychu a chyflwr y samplau. Defnyddiwch lliain glân, meddal a glanhawr gwydr.
4. Gwiriwch dyndra'r holl gydrannau a thynhau unrhyw sgriwiau rhydd.